Az Együttműködési megállapodást az akcióterv alapján kell elkészíteni, azonban az abban rögzített tevékenységektől, időpontoktól - az ügyintéző, vagy az ügyfél javaslatára – közös megegyezéssel, a megállapodás módosításával el lehet térni. Újabb támogatások és szolgáltatások emelhetőek be a megállapodásba, illetve az akciótervben rögzítésre került tevékenységek hagyhatók el az Együttműködési megállapodásból.